Câu chuyện trong bộ anime Futsal Boys!!!!! xoay quanh về một bộ môn thể thao bóng đá Futsal, vào thời điểm khi đó thì bộ môn này đã và đang phát triển mạnh mẽ trên toàn thế giới, cũng chính vì vật mà nó đã thu hút được sự quan tâm của rất nhiều những cầu thủ tài năng tham gia vào bộ môn thể thao đầy hấp dẫn này. Trong khi đó nhiều cầu thủ ngôi sao sinh ra ở Nhật Bản, và tất cả mọi người từ trẻ em đến người lớn đều mê mẩn môn thể thao này, từ đó Futsal trở thành một môn thể thao được rất nhiều người quan tâm đến.
Vào mọt ngày nọ khi đang xem trận chung kết World Cup U-18, thì một cậu bé mới lớn tên là Haru Yamato, sau khi được xem màn trận đấu đó thì anh đã bị mê hoặc bởi màn trình diễn của Tokinari Tennouiji, một trong những cầu thủ của đội tuyển quốc gia Nhật Bản chơi bóng đỉnh cao, anh cũng chính là một ngôi sao trong bộ môn này. Cũng chính vì vậy mà Haru đã quyết định đặt ra những mục tiêu mới cho chính mình, anh bắt đầu chơi futsal với mục tiêu trở thành một cầu thủ như Tokinari, anh muốn được mọi người đều biết đến mình thông qua Futsal, và cùng với những người bạn của mình tại Câu lạc bộ Futsal của Học viện Koyo, cậu ấy đặt mục tiêu đạt được ước mơ của mình. Cũng tại đây mà Haru cũng bắt đầu có những người bạn mới giành cho mình, họ không chỉ là bạn mà họ còn là đồng đội của nhau để cùng nhau chinh phục những đỉnh cao trong Futsal.