Với thành công vang dội của phần 1, nhiều khán giả đã rất mong đợi sẽ nhanh chóng có phần 2 của tựa phim cổ trang phá án mang phong cách hài hước – Giang Hồ Kỳ Án, việc khai thác những vụ án hóc búa ly kỳ trong giang hồ luôn khiến người xem phải tò mò và thích thú từ đầu tới cuối qua sự diễn xuất của dàn diễn viên thực lực cùng một kịch bản đầy sáng tạo, Giang Hồ Kỳ Án 2 chính là câu trả lời cho những khán giả mê phim này. Phim lên sóng vào năm 2008 với thời lượng vẫn là 20 tập, dàn diễn viên lúc này đã có sự thay đổi đáng kể, chỉ còn có Lê Diệu Tường góp mặt trong khi cốt truyện phim được thay đổi hoàn toàn. Mặc dù vậy, những cái tên mới đều được đánh giá rất cao, đều là những diễn viên có thực lực của nhà đài như Mã Tuấn Vỹ, Tăng Vỹ Quyền, Hạ Vũ và Trịnh Hy Di.
Giang Hồ Kỳ Án 2 xoay quanh cô nàng Trần Tế Muội (Trịnh Hy Di), vốn là người có tính tình thẳng thắn, luôn sẵn sàng ra tay giúp đỡ dân lành nên được nhiều người ở huyện Lương Tài yêu mến. Do có hiểu lầm với Tạ Hoàng Thượng (Mã Tuấn Vỹ) – là quan nông mới lên chức, là kẻ xấu, nên Tế Muội không có thiện cảm với anh, vì thế 2 người thường xuyên có những tranh cãi. Trong khi đó, cha của Thượng là Tạ Thương Thiên (Hạ Vũ) vì muốn giúp anh thăng quan tiến chức nên sắp xếp người thông minh tài trí là Đới Tùng Văn (Lê Diệu Tường) ở bên cạnh nhằm dâng mưu hiến kế. Đồng thời, ông cũng đưa bốn nha sai là Cháo, Bột, Mì, Cơm ngày đêm bảo vệ con trai. Không lâu sau, huyện Lương Tài xuất hiện vị quan huyện mới tên Tô Trấn Đông (Tăng Vỹ Quyền). Anh ta là một tham quan, thường dùng cực hình hà khắc để tra khảo tội phạm.
Một ngày nọ, trong lúc điều tra cái chết của một kỹ nữ, Trấn Đông đã đổ oan cho người vô tội bằng thủ đoạn của mình. Được sự giúp sức của Tùng Văn và Tế Muội, Hoàng Thượng sau đó đã tìm ra được thủ phạm chính xác. Tùng Văn lúc này đứng lên kêu gọi mọi người chống đối cũng như bắt Tô Trấn Đông phải từ chức. Cùng nhau trải qua nhiều hoạn nạn, Tế Muội và Hoàng Thượng dần nảy sinh tình cảm với nhau. Thế nhưng trớ trêu khi em trai của Trấn Đông là Trấn Nam lúc này lại tìm cách hãm hại nhà họ Tạ để trả thù. Hoàng Thượng và Tế Muội rơi vào những mưu kế hiểm ác của anh ta. Thậm chí, cả hai còn đứng trước nguy cơ mất tính mạng…
