Mâu Thuẫn Anh Em hay còn được biết đến với tên gọi gốc là Brothers Conflict, câu chuyện trong bộ anime này xoay quanh về nữ nhân vật chính có tên là Ema Hinata (hay sau này được gọi là Ema Asahina), cô được sinh ra và lớn lên tại một gia đình danh giá, và cô cũng chính là con gái của người yêu cũ nổi tiếng, Rintarou Hinata. Một ngày nọ, Ema phát hiện ra rằng cha cô sẽ tái hôn với một nhà sản xuất quần áo thành công tên là Miwa Asahina. Thay vì làm phiền họ, cô quyết định chuyển đến khu phức hợp Sunrise Residence thuộc sở hữu của Miwa để tự tìm cho mình một cuộc sống mới không còn phải sống phụ thuộc vào cha của cô nữa.
Kể từ khi ra ngoài ở, thì cũng là lúc mà cô phát hiện ra rằng mình có 13 người anh riêng, điều này đã khiến cho cô thực sự ngạc nhiên vì bí mật này từ nhỏ đến lớn cha cô luôn giấu cô không cho cô biết, cho đến khi trưởng thành thì cô mưới biết sự thật này. Khi thời gian trôi qua, những người anh kế của cô nảy sinh tình cảm với cô và cạnh tranh bằng mọi cách để chiếm được trái tim của cô khi tất cả những gì Ema muốn có là một gia đình yêu thương. Cô ấy có thể làm cho tất cả 13 người anh kế của mình hạnh phúc hay cô ấy sẽ chỉ chọn một trong số họ? Ema có một con vật cưng giúp cô ấy khi khó khăn và chỉ cô ấy và anh trai mới có thể hiểu được. Cô phải đối mặt với nhiều thách thức như phát hiện ra mình là con nuôi và phải nộp đơn vào đại học.