Chất từ cốt truyện cho tới những cảnh hành động, dù là phim truyền hình nhưng được đầu tư cảnh bắn súng rượt đuổi không kém gì phim điện ảnh, đó là những gì mà Nội Gián ATF mang đến cho khán giả ngay từ những tập đầu tiên, đây cũng là bộ phim nâng tầm tên tuổi cho 2 ngôi sao hàng đầu của TVB hiện nay là Trần Triển Bằng và Ngô Trác Hy. Đề tài phim nội gián từ lâu đã là sở trường của phim Hong Kong và cho tới nay thì TVB vẫn tiếp tục làm tốt nhiệm vụ đưa tới khán giả những bộ phim nội gián chất lượng nhất, Nội Gián ATF chắc chắn là một trong những cái tên đáng được nhắc đến đầu tiên.
Nội dung của phim xoay quanh 2 anh em trai Trang Hữu Chính (Trần Triển Bằng) và Trang Hữu Kiệt (Ngô Trác Hy), cả 2 mất cha từ nhỏ, được mẹ Đường Thục Phấn (Lý Tư Kỳ) nuôi nấng với biết bao vất vả và thăng trầm. Hai anh em cùng yêu thích nghề cảnh sát, sau khi chứng tỏ được tài năng của mình thì 2 người lần lượt được tham gia Tổ tình báo chống khủng bố (ATF) do Thẩm Chí Ngao (Quan Lễ Kiệt) làm chỉ huy. Trong khi Hữu Chính thông minh, điềm tĩnh nên được phân về đơn vị tình báo. Thì Hữu Kiệt lại tràn đầy nhiệt huyết, cậu có thể lực tốt nên được phân về đơn vị hành động. Những tưởng, hai anh em họ sẽ tương trợ lẫn nhau, cùng lập nên nhiều thành tích vẻ vang và bà Phấn được an hưởng tuổi già nhàn hạ. Nào ngờ, một vụ án nghiêm trọng đã khiến tình cảm anh em rạn nứt, họ bất ngờ trở mặt thành thù.
Sự việc bắt đầu từ việc Hữu Chính nhờ phóng viên Diệp Đình (Mông Gia Tuệ) cung cấp thông tin về một tổ chức bí mật đang âm mưu khủng bố, lấy mạng rất nhiều người. Trong lúc điều tra tổ chức này, Chính không những suýt mất mạng, còn bị nghi ngờ là kẻ phản bội. Không còn cách nào khác, Chính nhờ bạn gái của mình, là nhân viên phân tích tình báo Chung Nhật Gia (Trần Nhân Mỹ), lẻn vào kho tư liệu để thu thập chứng cứ. Từ đó, Chính nghi ngờ trong ATF có nội gián. Nhưng, Hữu Kiệt không những không tin tưởng anh trai mà cậu còn tranh thủ lúc Chính mất tích ra sức theo đuổi Nhật Gia. Giữa lúc tiến thoái lưỡng nan, Chính được Diệp Đình giúp đỡ hết mình. Anh quyết định trà trộn vào tổ chức bí mật để tra án, chấp nhận đối đầu với chính những người anh em đã từng vào sinh ra tử cùng cậu ở ATF…
