Câu chuyện trong bộ anime Tesla Note kể về Mission T, đó chính là một hoạt động bí mật để cứu thế giới khỏi sự hủy diệt, vì vậy mà tất cả những gì liên quan đến hoạt động này được được bảo mật một cách tối đa. Được đào tạo như một ninja từ khi còn nhỏ, Botan Negoro cô gái này được nuôi dạy để trở thành điệp viên tối thượng, mục đích của họ là có thể biến cô trở thành một trong những sát thủ hàng đầu thế giới, trong nhiệm vụ của mình cô đã hợp tác với một điệp viên xuất sắc khác, Kuruma.
Trong chuyến đi lần này, mục đích của họ là khôi phục di sản của nhà phát minh thiên tài Nikola Tesla, “Những mảnh vỡ của Tesla”. Liệu cả hai có thể đánh bại các đặc vụ của các quốc gia khác, những người cũng đang theo đuổi những mảnh vỡ này? Một bộ phim kinh dị siêu điệp viên bắt đầu, cuộc chiến của hai thiên tài trẻ tuổi với những tổ chứ bí ẩn bắt đầu được diễn ra, liệu rằng với khả năng của mình họ có thể thoàn thành được những nhiệm vụ vô cùng khó khăn này không?