Câu chuyện trong bộ anime Thanh Kiếm Linh Hồn kể về ngôi làng Ootsuka, đó cũng chính là quê hương của Shino Inuzuka, Sousuke Inukawa và Hamaji, vào một ngày nọ tất cả họ bị đốt cháy theo định kiến rằng một loại virus đã bị tiêu diệt toàn bộ cuộc đời của nó. Bây giờ bị bao vây bởi ngọn lửa và bên bờ vực của cái chết, cả ba bị một người đàn ông lạ mặt cầm kiếm tiếp cận. Anh ấy nói với họ rằng họ phải đi đến quyết định nếu họ muốn sống trong bối cảnh cận kề cái chết này. Đêm đó đã thay đổi mọi thứ đối với những đứa trẻ này, cũng chính từ giây phút này những đứa trẻ bắt đầu bước vào những cuộc hành trình mới giành cho mình.
Để thực hiện điều này, họ bắt cóc Hamaji để dụ Shino, hiện đang mang linh hồn của Murasame, và Sousuke, người có khả năng biến hình thành một con chó. Hai anh em phải gạt sự khác biệt của mình sang một bên để giải cứu người em gái yêu quý của họ khỏi Nhà thờ ở Cố đô, báo hiệu sự khởi đầu của một cuộc hành trình rất khó khăn và họ cũng biết rõ rằng có rất nhiều điều nguy hiểm đang đón họ ở phía trước. Năm năm sau, gia đình ba người hiện đang sống dưới sự giám sát của Nhà thờ Hoàng gia nhỏ ở một ngôi làng gần đó. Tất cả đều ổn và đẹp đẽ cho đến khi Giáo hội cố gắng lấy lại thanh quỷ kiếm của Murasame. Kể từ đó mà câu chuyện cũng bắt đầu phức tạp lên rất nhiều, cùng đón xem 26 tập phim trong bộ anime Thanh Kiếm Linh Hồn này để theo dõi nhé các bạn.